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L'esposizione permanente di Paletnologia comprende sei sezioni.
Le prime due, Quando, come, perché. I metodi per lo studio del passato e Homo. La storia naturale - allestite e realizzate utilizzando anche moderne tecnologie multimediali che coniugano ricostruzioni tridimensionali con il linguaggio ipertestuale cui internet ci ha abituati (cfr. ad esempio la scacchiera dell'evoluzione) - hanno un carattere tematico generale e introducono alle altre sezioni.
Le altre sezioni sono state organizzate su base tematica nell'ambito di un lungo percorso cronologico; si riferiscono ciascuna a periodi specifici della storia dell'uomo:
- Cacciatori e raccoglitori documenta il popolamento del Lazio nel corso del Paleolitico;
- Arte nella preistoria;
- Un tuffo nel passato, gli scavi ancora in corso nel villaggio "La Marmotta" (lago di Bracciano, Anguillara Sabazia, Roma).
- Dal villaggio alla città presenta materiali da vari contesti italiani e stranieri (area egea e area svizzera) relativi al Neolitico, all'Eneolitico, all'età del Bronzo e alla prima età del Ferro.
Nello spazio antistante alla sezione Dal villaggio alla città viene presentato il Progetto PROUST, finanziato dall'Assessorato alla Cultura, Spettacolo, Sport e Turismo della Regione Lazio, dedicato al Sistema Museale Tematico Preistorico e Protostorico del Lazio.

Le esposizioni permanenti di etnografia comprendono tre sezioni.
- Sezione Africa
L´allestimento prevede un percorso che illustra in tre momenti storici fondamentali l'incontro tra l'Africa e l'Occidente: - la scoperta della costa occidentale, avvenuta tra il 1434 e il 1488; - l'esplorazione dell'interno del continente, che si compì nel XIX secolo; - la "scoperta" dell'Arte Negra, agli inizi del XX secolo, che influì profondamente sui processi di rielaborazione delle arti plastiche occidentali. Nello spazio espositivo per le mostre a rotazione:
- Lo splendore del guerriero. Armi africane antiche.
- Sezione Oceania
La sezione Oceania possiede una raccolta di circa 15.000 oggetti (una delle più importanti collezioni del genere in Europa) provenienti dalla Melanesia, dalla Polinesia, dalla Micronesia e dall'Australia, raccolti per la maggior parte da viaggiatori, studiosi e esploratori della fine del XIX secolo. L'esposizione ha un percorso che si snoda attraverso tutta l'Oceania.
- Sezione "Le Americhe"
L'esposizione è costituita attualmente dalle sale che si riferiscono alle culture archeologiche della Mesoamerica e dell'America Centrale. Prevede un primo percorso introduttivo (popolamento e primo contatto con gli europei); una sezione "antologica" sulla Mesoamerica; una sezione "tematica" che attraverso gli oggetti cerca di comprendere il popolo che l´ha prodotto.
L'8 febbraio 2008 è stata aperta al pubblico la sala dedicata al Mondo Andino.
Esposizione permanente della Sezione delle Culture Asiatiche è in attesa dei finanziamenti del Ministero.
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